Это признак того, что глазные мышцы теряют эластичность, закрепощены. В обычной жизни это незаметно, но как только появляется "специальная" задача - мышцы глаз не справляются с этим, возникают неприятные ощущения. Очень рекомендую делать профилактическую зарядку для глаз дважды в день по пять минут (методов полно на ютубе).для восстановления эластичности продольных мышц. Я смотрю стерео пары как обычно, никакого дискомфорта.
Сорри за оффтоп.